Les prémices de la ville de Pise restent plutôt confus. Peut-être d'origine ligurienne ou grecque, elle fit cependant certainement partie du règne étrusque, puis du royaume des lombards. Le Moyen Age coïncide avec sa plus grande période de prospérité économique, politique et artistique qui laissa derrière elle beaucoup de traces que l'on peut observer encore aujourd'hui en son centre historique, avec les nombreux édifices religieux et civils, les petites places et les chemins croisant perpendiculairement l'Arno.
Grâce à une importante base navale existant déjà au temps des Romains, Pise intensifia son commerce méditerranéen et emporta de nombreuses victoires sur des villes et des navires musulmanes. En effet, les croisades donnèrent l'occasion à la ville d'élargir son influence et ses routes commerciales en Méditerranée orientale et le long de la côte africaine.
Favorisant une politique pro impériale, Pise fut la seule ville gibeline en Toscane qui soutint ouvertement les souverains suevis, une position qui la mit souvent en opposition avec la papauté.
Le lent déclin de la ville commença en 1284 lorsque elle fût battue par sa rivale Gênes à la bataille de Meloria, à la suite de laquelle environ 10 000 hommes furent capturés ou tués. Progressivement, Pise passa sous le contrôle de Florence et connut une longue période difficile.
A la seconde moitié du 16ème siècle, Pise connut une reprise, comme en témoigne le développement de l'Université et l'établissement de l'Ordre des Chevaliers de Saint Stéphane, établi à Pise pour lutter contre les turcs en mer. La ville connut ensuite une longue période paisible sous le règne des Médicis.
Durant la seconde guerre mondiale la ville fut fortement bombardée par un tapis de bombes et en 1943 elle connut la terrible expérience d'être coupée en deux par les combats.
Aujourd'hui, Pise est une ville moderne traversée par l'Arno qui conserve encore tout le charme de son passé historique. Le centre de la ville est maintenant considéré la piazza Vittorio Emanuele II suite au réaménagement urbain qui eut lieu au 19ème siècle au cours duquel l'ancienne enceinte médiévale fut démolie. On peut quitter la place par le Corso Italia, rue piétonne principale, qui finit par joindre le Ponte di Mezzo, un pont à l'origine tout en bois mais qui a été reconstruit au 17ème siècle, qui traverse le fleuve pour arriver au rive nord de la ville. A côté se trouve des chemins idéals pour faire une petite promenade agréable et romantique.
La splendide Piazza dei Miracoli abrite au sein de son pourtour d'importants et de célèbres monuments tels que la Cathédrale, la Baptistère et le Champ Sacré. Bien évidemment l'œuvre le plus connu à Pise est sa Tour Penchée, en réalité le campanile de la Cathédrale, avec une hauteur dépassant les 50m et un poids d'environ 15000 tonnes, qui doit sa renommée au fait qu'elle s'incline en raison d'un sol qui s'affaissait dès le début des travaux qui commencèrent en 1173, mais ils durent être interrompus plusieurs fois à cause de l'affaissement du sol qui l'empêchait de se maintenir droite. Toutefois, à l'époque, de tels problèmes n'étaient pas si rares que l'on s'imagine et le campanile fut néanmoins terminé. Aujourd'hui, elle est soumise à des contrôles réguliers et des travaux de maintien ont souvent lieu pour s'assurer qu'elle soit préservée pour la postérité.